La promesa del maestro y la venganza Manga 343-396
Anime 113-118 y 121-???
En esta parte del anime se divide en 3 sub sagas, entre ellas esta, La promesa del maestro y la venganza primera parte, desde el episodio 113-118, despues el anime decide transmitir una mini temporada que se llama Kakashi Gaiden: ¡La vida de un chico en el campo de batalla! que son los capítulos 119-120 del anime aunque son aparte de la trama principal que se desarrolla en ese momento, y despues se retoma la misma temporada La promesa del maestro y la venganza seria la segunda parte, comienza desde el capitulo 121 hasta la actualidad, ya que no se sabe su duración exacta.

La promesa del maestro y la venganza

Manga 343-352
Anime 113-118
El actual cuerpo de orochimaru empieza a fallar, por lo que intenta trasladarse al de Sasuke, como tenía planeado. En la corta batalla que se inicia, Orochimaru consigue someter a Sasuke y logra iniciar la técnica de transferencia de alma. Sin embargo, en el último momento Sasuke consigue darle la vuelta a este proceso, y es el sannin quien queda atrapado dentro del cuerpo de Sasuke, de la misma forma en que otros han estado dentro de él antes. Después de derrotar a Orochimaru, Sasuke forma su propio grupo al que llama Hebi (serpiente) con la finalidad de derrotar a su hermano Itachi. Este grupo está compuesto por él mismo, y por Suigetsu, un espadachín de la Aldea Oculta de la Niebla, Karin, que dirigía uno de los laboratorios de Orochimaru, y Jūgo, el sujeto del que el sannin obtuvo la fórmula de su sello maldito.

Tras enterarse de que Sasuke ha matado a Orochimaru, Tsunade decide mandar a un amplio grupo de ninjas de la aldea en busca de Itachi, ya que de esta forma conseguirán también hallar a Sasuke (En este momento en el anime kakashi decide hablar de su pasado relatando al fin el "Kakashi Gaiden").

Kakashi Gaiden: ¡La vida de un chico en el campo de batalla

Manga 236-244
Anime 119-120
En el anime esta parte esta ubicada en medio de la formacion del equipo Hebi y Sasuke vs Itachi aunque en el manga se encuentra al final de Naruto y antes del inicio de Naruto Shippuden.

Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, sobre una misión de destruir el Puente de Kannabi, en la cual Kakashi es el lider ya que fue ascendido a rango Jounin. Cuando el equipo se marcha con Kakashi adelante, Kakashi descubre de que hay enemigos detras de unos árboles, Kakashi decide de usar su nuevo Jutsu: Chidori. Kakashi mientras estaba corriendo con el Chidori, los enemigos empezaron a lanzarle Shuriken los cuales no le afectaban ya que iba a una gran velocidad y ataca a un enemigo. Kakashi vuelve con su equipo y Minato le dice que no es un jutsu muy completo ya que falta algunos requisitos, Kakashi escucha el comentario de su sensei pero no le importo ya que lo sigue utilizando aun cuando adulto y de hecho se lo enseña a su futuro y uno de sus 3 primeros alumnos Sasuke Uchiha decendiente de el clan de uno de sus compañeros de equipo, Obito. Esa noche, Minato dice a Obito que traté de ser más comprensible con Kakashi y su ambición de cumplir las reglas y normas ya que las cumple porque el padre de Kakashi (el colmillo de Konoha) era muy respetado y en una misión tenía que decidir cumplir la misión y dejar morir a sus amigos o fallar la misión y salvar sus amigos, el decidió salvar sus amigos y fue deshonrado. El padre de Kakashi no podía soportar el deshonro ya que antes era respetado y se suicidó. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrada. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito quiere ir a salvarla y Kakashi rechaza esa opinión y dice que el es el lider y Obito debe seguirlo. Obito lo golpéa y decide ir a rescatarla con o sin el.

Obito encuentra Rin, pero es atacado por un Ninja de la Aldea Oculta entre las rocas. Kakashi llega a ayudar a Obito, pero de repente el enemigo lo ataca con un kunai y pierde su ojo izquierdo. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Ellos entonces rescatan Rin, pero la cueva en la que ellos están empieza a derrumbarse sobre ellos, Kakashi iba a ser aplastado por una gran roca pero Obito le empujo y el lado derecho de Obito es aplastado. Obito decide entonces donar su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi en regalo por haber sido ascendido a Jounin y le pide a Rin que lo transplante antes de que muera aplastado por el resto de la cueva que se les caía encima, Obito le recuerda a Kakashi que es un gran Ninja y que quiere ser sus ojos para ayudarle, por ultimo le pide que proteja a Rin. Kakashi con el sharingan activado sale de la cueva y protege a Rin de los ninjas enemigos pero el cansancio y la perdida del ojo le habian debilitado mucho hasta el punto de casi perder la conciencia; antes de desmayarse Kakashi utiliza el Kunai especial que le dio Minato y este advertido por el sello en el Kunai llega para salvarlos. Después el equipo completa su misión y destruyen el Puente de Kannabi.

La promesa del maestro y la venganza

Manga 353-396
Anime 121-???
Tsunade forma el equipo en busca de Itachi este está formado por Naruto, Sakura, Yamato, Sai, Kakashi, Shino, Hinata, Kiba y Akamaru.

Mientras tanto, Deidara decide ir tras Sasuke junto a Tobi antes de ir a por el Kyūbi. El Uchiha los localiza y Deidara inicia el combate usando su arcilla explosiva. Sasuke consigue esquivar la mayor parte de los ataques, aunque a costa de liberar su sello maldito en segundo nivel. Deidara queda atrapado por varios genjutsu y finalmente pierde la batalla. Esto lo llena de ira y activa su bomba C4, bombas de nivel celular que pueden introducirse en el cuerpo y deshacerlo desde dentro. Deidara cree haber terminado con Sasuke, pero queda atrapado en un nuevo genjutsu y es atacado por detrás con un Chidori, aunque se revela que en realidad era un clon de arcilla. Deidara lanza un nuevo C4, pero Sasuke, que esta vez no lo puede esquivar, consigue evadirlo al neutralizar las diminutas bombas con electricidad, que hace recorrer todo su cuerpo mediante un Chidori.

Como último recurso, Deidara revela una cuarta boca (además de la suya y las de sus manos) ubicada en su pecho, con la que engulle una gran cantidad de arcilla, que provoca que él mismo explote en una colosal autodestrucción con la que espera destrozar a Sasuke. Sin embargo, éste consigue invocar a Manda y usar a la gran serpiente como escudo, lo cual le permite escapar, aunque la invocación personal de Orochimaru muere debido a la fuerza de la explosión. Sasuke se marcha a descansar tras esto.

Tras la muerte de Deidara, el chakra de Sasuke se deja de sentir, por lo que los miembros de Akatsuki lo dan por muerto. Los de Konoha llegan al lugar de la explosión causada por la bomba final de Deidara y los perros de Kakashi y Kiba les indican que el olor de Sasuke sigue fresco.

Sasuke decide que deben ir ya a por Itachi. Naruto utiliza su Kage Bunshin no jutsu para poder cubrir más terreno. Un bunshin de Itachi se encuentra con uno de los de Naruto, el bunshin de Itachi le da "parte de su poder" en forma de ave que introduce por la boca a Naruto al escuchar las razones por la cual este busca a Sasuke. Otro se cruza con Sasuke y le cita a su batalla final en el escondite de los Uchiha. Kabuto se presenta ante Naruto, Hinata y Yamato y les dice que ha implantado parte del cuerpo de Orochimaru en sí mismo, y que éste está tomando el control lentamente.

Pain, líder de Akatsuki, se encuentra en la Aldea Oculta de la Lluvia junto a su compañera Konan. Allí, Tobi, que se revela a sí mismo como Madara Uchiha y verdadero dirigente de Akatsuki al darle órdenes a Pain, le encomienda capturar al Kyūbi.

En Konoha, Jiraiya se presenta ante Tsunade y le explica que va a ir a luchar contra Pain, puesto que ya sabe su localización. Antes de marchar, los dos tienen una conversación en la que se revela que los padres de Naruto son Minato Namikaze, cuarto Hokage y Kushina Uzumaki (originaria del pais del Remolino). Después de recordar esto junto a Tsunade, Jiraiya se marcha.

Tras infiltrarse con éxito en la Aldea de la Lluvia, Jiraiya captura a dos ninjas de bajo rango, de los que consigue sacar cierta información, referente a la subida al poder de Pain tras haber derrotado al anterior líder, Salamandra Hanzō (que fue quien les dio el título de sannin a Jiraiya, Tsunade y Orochimaru)

Jiraiya va en busca de Pain, pero Konan se da cuenta de su presencia y lo intercepta, lo cual trae al sannin recuerdos de cómo conoció a ésta y a sus dos compañeros, Nagato y Yahiko cuando eran niños, y los entrenó. Entonces, Pain aparece ante él en un cuerpo hasta entonces desconocido, pero distinto al que se había mostrado anteriormente. Éste empieza a invocar distintos animales gigantes, contra los que Jiraiya debe luchar. Durante esta pelea, Pain revela que quiere capturar a todos los Bijū para crear una nueva técnica que le permitirá destruir países enteros. Jiraiya invoca a dos ancianos sapos que le permiten realizar una técnica mediante la cual entra en modo ermitaño, que le otorga mayor poder, además de poder realizar el Chō Odama Rasengan. Uno de los cuerpos en que se manifiesta Pain absorbe el Rasengan, por lo que tiene que retirarse a pensar una nueva estrategia, puesto que los tres cuerpos que están actuando a la vez permiten que Pain no tenga punto ciego.

Jiraiya decide utilizar un poderoso genjutsu que realizan los dos sapos croando. Éste funciona, y Jiraiya parece haber ganado, pero aparecen tres cuerpos más de Pain, que revela que en realidad son seis, decantando la batalla en su propio favor. Pain revela que todos ellos son Pain, y Jiraiya reconoce en todos ellos a ninjas que ya ha visto antes, entre ellos a Yahiko.

Jiraiya, que queda malherido tras el ataque de Pain, empieza a recordar fragmentos de su vida y acaba pensando en Yondaime y su esposa, en cómo estos decidieron llamar Naruto a su hijo debido al heroico protagonista de una de sus novelas. A la vez, comprende la verdadera naturaleza de Pain, que anota en un mensaje cifrado en uno de los dos sapos, el cual marcha hacia Tsunade. Jiraiya es finalmente derrotado y lanzado al agua donde con su último aliento piensa que su siguiente libro se llamará La historia de Naruto Uzumaki.

Simultáneamente, Sasuke y su grupo se acerca al lugar donde se ha de encontrar con Itachi, y Kisame aparece y obliga a sus acompañantes a quedarse atrás. Suigetsu decide iniciar una lucha contra Kisame para conseguir su espada Samehada. Además, el grupo de Naruto se encuentra con Tobi, a quien inicialmente no le dan importancia, aunque más tarde descubren que el Rasengan de Naruto no puede herirlo. Sasuke llega ante Itachi, en la sala principal de la guarida de los Uchiha.

Sasuke e Itachi comienzan su pelea mediante una sucesión de genjutsu que culmina con Itachi usando su Tsukuyomi. En este momento se revela que Itachi desea sustituir sus ojos, debilitados por el uso continuado del Mangekyō Sharingan, por los de Sasuke, lo cual no sólo le permitirá sobrevivir, sino también alcanzar el siguiente nivel en la evolución de la técnica de su clan y la inmortalidad, que hasta entonces sólo Madara Uchiha, cuya historia también relata, había conseguido. Zetsu muestra que está observando el combate a escondidas, esperando ver las técnicas de Itachi. Éste mató a todo el clan para forzar a Sasuke a alcanzar el Mangekyō y así poder servirse de él. Cuando parece que Itachi, dentro del genjutsu, va a arrancar los ojos de su hermano, éste logra deshacer la ilusión, neutralizando el ojo izquierdo de Itachi, e inutilizando Tsukuyomi.

La pelea continúa entonces mediante Ninjutsu, en la que ambos usan desde kunai y shuriken hasta técnicas ninja como el Katon: Gōkakyū no jutsu. La batalla se traslada al techo del edificio, donde Sasuke ataca a su hermano con una gran bola de fuego, que sin embargo es neutralizada mediante otra técnica exclusiva del Mangekyō Sharingan, Amaterasu, unas llamas negras que consumen incluso el fuego de Sasuke. Éste logra esquivarlo gracias a una técnica de reemplazo aprendida de Orochimaru, y ambos confiesan estar ya sin chakra.

Sasuke realiza un Katon: Gōryūka no jutsu, que quema en parte a Itachi, aunque después sigue su lanzamiento hacia el cielo, aparentemente perdido. Estos dragones provocan la aparición de nubes de tormenta, de las cuales se sirve Sasuke para descargar un rayo sobre Itachi, la técnica que él llama Kirin. Agotado y ya sin chakra, éste cree que ha vencido, pero Itachi ha conseguido protegerse mediante la tercera técnica del Mangekyō, Susanō, una armadura gigante en forma de monje.

Sasuke escucha la voz de Orochimaru, al que ahora que se ha quedado sin chakra, ya no puede neutralizar, así que éste se manifiesta haciendo surgir del cuerpo de Sasuke una especie de gran hidra con cabezas de serpiente. De una de éstas aparece el propio Orochimaru, dispuesto a conseguir el cuerpo de Itachi ahora que éste está debilitado. Sin embargo, el monje de Susanō atraviesa su cuerpo con una espada espiritual con la capacidad de sellar cualquier cosa en un genjutsu eterno, acabando entonces con Orochimaru, y extrayéndolo del cuerpo de su hermano. Sasuke carece por completo de chakra, Itachi anula a Susanō y se encamina hacia su hermano, preparado para conseguir los ojos de su exhausto hermano. Llega a estar delante de él, e incluso alarga su mano para extraer un ojo de Sasuke, pero en ese momento, los dedos de Itachi tocan a Sasuke en la frente como hacía cuando éste era niño, y después se desploma muerto al suelo, para asombro de Sasuke, que viendo que ha vencido se deja caer, agotado. La acción vuelve a la pelea de los ninjas de Konoha y Tobi, que no consiguen herirle. Shino Aburame decide entrar en acción. Shino utiliza sus insectos para extraer el chakra de Tobi pero este se escapa. Zetsu y Tobi llegan primero al lugar de pelea de los Uchiha, y se llevan los cuerpos. Los ninjas de Konoha llegan demasiado tarde.

La Revelacion de Madara: La Verdad sobre Itachi Manga 397-403
Tobi se revela ante Sasuke como uno de los sobrevivientes del clan Uchiha; incluso le dice que sabe toda la verdad acerca de Itachi. Sorprendentemente, Tobi se quita la mascara y muestra su Sharingan. El ojo izquierdo de Sasuke se transforma en Mangekyō Sharingan y libera Amaterasu sobre Tobi. A pesar de esto Tobi aparece intacto y explica que Itachi le dejo su Amaterasu a Sasuke para matarle o quizá mantenerlo alejado de su hermano.

Tobi se revela a sí mismo como Madara Uchiha y se dispone a contarle la forma de vida del fallecido Itachi a pesar de la confusión de Sasuke, el Akatsuki afirma que Itachi siempre deseó proteger el mundo ninja, a Konoha y sobre todo, a su hermano pequeño. Madara le expone a Sasuke cuales fueron las intenciones de Itachi al implantar su amaterasu. Madara se dispone a contarle la verdadera historia del Akatsuki, la cual comienza en los principios de Konoha, cuando el enfrentamiento de los clanes Uchiha y Senju era inevitable. Los dos clanes lucharon sin parar hasta que pensaron formar entre los dos una sola Aldea y de ahí surgió Konoha, que después de proclamarse Hashirama Senju el primer Hokage, surgieron una serie de acontecimientos en los cuales el clan Uchiha estaba involucrado, a partir de ese momento comienza la verdadera historia de Itachi. Tobi le cuenta a Sasuke que los Senju y los Uchiha peleaban constantemente hasta que los senju pidieron la paz, los Uchiha aceptaron. Cuando Hashirama es proclamado Hokage, Madara Uchiha se enfada y decide rebelarse, ya que todos los sacrificios se habían perdido. Con esto se va de la villa, lucho contra el jefe de los senju en el Valle del Fin en donde perdió y se le creyó muerto. Nidaime sabia que los Uchiha no se iban a quedar pacíficos por siempre por lo que decidió darles algo de poder al mandar a crear la Policía Militar de Konoha dirigida por los Uchiha.

Con el desastre (según Tobi) natural del renacimiento del Kyubi en Konoha los miembros del consejo junto con Danzou deciden que los Uchiha eran muy peligrosos. Ahí empezó una campaña de aislamiento hacia los Uchiha, esta no era aceptada por Sandaime pero tuvo que ser cumplida ya que el ataque del Kyubi los inculpaba. Los Uchiha no soportaron la segregación por lo que decidieron organizar un golpe de estado, Los altos mandos de Konoha lo sospecharon por lo que decidieron poner a un espía dentro de la familia y quien mejor que uno de los más grandes Jounin de Konoha: Uchiha Itachi. Inicialmente Itachi era un espía de los Uchiha en ANBU comandado por el líder del clan Fugaku Uchiha sin embargo Itachi, que había vivido la Tercera Guerra Ninja con sólo 4 años y comprendía la inestabilidad que traería un Golpe de Estado, traicionó a su clan, convirtiéndose en un doble espía, cosa que culmina con la orden de asesinar a todo su clan para eliminar cualquier riesgo. Itachi se dio cuenta de que Madara Uchiha seguía vivo, infiltrado en los ANBU y dispuesto a causar una guerra y le ofreció acabar con el clan con la condición de que abandonara sus pretensiones sobre Konoha, a pesar del intento de acuerdo de Sandaime, la orden fue ejecutada. Sin embargo Itachi fue incapaz de matar a su propio hermano, amenazó a Danzō con descubrir el complot si Sasuke fuera dañado e hizo prometer a Sarutobi que no le contaría la verdad; así Itachi empujó a su hermano a una vida de cólera y odio con el fin de hacerlo fuerte y morir a sus propias manos un día, para hacerle merecedor de un nuevo poder, la confianza de Sasuke se quiebra ante esta revelación y no da crédito a lo contado por Tobi. Sasuke entonces intenta argumentar las razones por lo cual Itachi solo buscaba sus ojos, pero Madara refuta cada una de sus ideas, diciendo entre otras cosas que la razón por la cual Itachi lo había hecho llegar al límite era para que este dejara libre a Orochimaru y así acabar con él de una vez por todas (en ese momento Sasuke se da cuenta de que ya no tiene el sello maldito), que él, Sasuke, en ningún momento vio a través de la verdadera ilusión de Itachi, comenta que para Itachi nadie era más importante que Sasuke, ni sus superiores, ni su familia, ni sus amigos, porque para Itachi, la vida de Sasuke era más importante que la aldea.

Hay una cambio de escena, Sasuke aparece frente al mar y recuerda todos los momentos que paso junto a Itachi, antes de que el fuera exiliado y antes de que muriera a sus manos. Llora ante Jügo, Suigetsu, Karin y Tobi ; y dice: "Nuestro equipo ya no se llamara Hebi (Serpiente), desde ahora nos llamaremos Taka (Halcón). Taka solo tiene una meta: Destruir Konoha". Y aparece un nuevo Sharingan en los ojos de Sasuke.

Taka vs el Hachibi y el entrenamiento de Naruto [editar]Manga 404-418
Naruto en su habitación recuerda cuando Itachi le dice que porqué está tan interesado en Sasuke y Naruto responde porque es como un hermano para él, entonces Itachi le dice que qué haría si Sasuke atacara Konoha, si salvaría a la villa aunque tuviera que matar a Sasuke, y Naruto le responde que protegería a Konoha y detendría a Sasuke sin necesidad de matarle. Luego recuerda cuando Jiraiya le hace más o menos la misma pregunta, entonces Itachi le da parte de su poder y se va. Mientras Sasuke recuerda que Itachi lloró la noche que mató a todo el clan Uchiha, y Madara le pregunta en la realidad que si se implantará los ojos de Itachi y él dice que no, que revivirá a su clan con sus propios medios.

Luego se ve a Tobi hablando con Kisame, le dice que lamenta haberlo engañado y se quita la máscara enseñando su verdadero rostro, Kisame lo reconoce y le dice que será más fácil para él hacer su trabajo, sabiendo que él está al mando y lo llama Mizukage (Kage de la Aldea Oculta en la Niebla) y también Madara. Kakashi llega a casa de Naruto y le dice que Tsunade le espera y que es muy importante. Al llegar se encuentra a Gamabunta y Gamakichi; al entrar a la oficina de Tsunade ve a Sakura, Sai, Tsunade y Shizune reunidos con una delegación de ranas, encabezadas por una pequeña y anciana rana, que resulta ser uno de los dos grandes ermitaños y el que le enseñó a Jiraiya todas sus técnicas. La rana anciana le dice que Jiraiya ha muerto asesinado en batalla; Naruto no se lo cree.

La escena cambia a donde Sasuke está reunido con el equipo "Taka", Tobi y Kisame. Tobi le pregunta a Sasuke que cuál es su plan para destruir Konoha, Sasuke le contesta que sólo matará a los ancianos del consejo, Kisame responde diciendo que si hace eso, el resto de la aldea los protegerá y que aún no tiene suficiente poder para lograrlo; Suigetsu le responde que no los subestime pues aún no han acabado su enfrentamiento, éste se lanza a atacar a Kisame pero es detenido por Tobi, quien le dice a Sasuke que debe mejorar la disciplina en su equipo, Suigetsu dice que la única razón por la que aceptó unirse a Sasuke fue para vencer a Kisame, Sasuke responde a Suigetsu diciendo que haga lo que quiera, pero que aún no podrá derrotarlo. Tobi le dice a Sasuke que esta vez Akatsuki y Taka trabajarán juntos, pues tienen la misma meta, también le dice que le dará a su Taka uno de los Bijuu, Karin le explica a Sasuke lo que son los Bijuu, y Kisame dice que existen nueve Bijuu en el mundo, Akatsuki ya ha capturado siete y que los dos que quedan se los repartirán, uno será capturado por Taka y el otro por Akatsuki, Sasuke pregunta si aún no han capturado al Zorro de las Nueve Colas, a lo que Tobi responde que Akatsuki se encargará de Naruto y que Taka puede tener el otro.

Se le ve a Naruto hablando con Fukasaku, que es el líder ermitaño de las ranas, enseñándoles el código que Jiraiya le grabó en la espalda. Les explica que es lo único que quedó de él y lo hizo sin que Pain se diese cuenta. Naruto reclama a Tsunade el haberlo dejado ir a una misión tan peligrosa y solo, pero Kakashi lo hace callar, le dice que también entienda el dolor que siente Tsunade. Ella recuerda mientras hablaba con su compañero sannin, y éste le dice que con gusto se sacrificaría por las nuevas generaciones. Mientras tanto Naruto maldice al sapo ermitaño y se da la media vuelta para irse, Sakura intenta detenerlo pero Tsunade le dice que lo deje solo un rato. Kakashi se disculpa con Fukasaku y le dice que podrá hablar con él en otra ocasión. El gran sapo le dice que está bien y también menciona que Naruto quería mucho a Jiraiya y que le gustaría que el chico de la profecía fuera como él. Mientras tanto Naruto comienza a recordar cómo lo entrenó Jiraiya, cuando le enseñó el Rasengan, todos y cada uno de los momentos que pasó con él. Pero en eso le habla Iruka sensei, quien lo invita a comer ramen, pero Naruto se niega y sigue caminando solo. Llega la noche y Naruto ni siquiera había comido, simplemente está sentado en su cama, decide salir a caminar y entra a una tienda donde compra una paleta como las que acostumbraba comer con Jiraiya, luego se sienta en una banca y comienza a llorar por la muerte de su maestro. Llega de nuevo Iruka y le dice que ya se enteró sobre lo de Jiraiya, y Naruto le confiesa que él deseaba que su maestro lo viera cuando se convirtiera en Hokage, e Iruka le dice que su maestro siempre lo elogiaba, que lo consideraba como su nieto, esto sorprende a Naruto; luego Iruka le revela que Jiraiya siempre pensó que Naruto tomaría su lugar, y que no tenía dudas de que llegaría a ser Hokage, el mejor de los Hokages, esto sorprende aún más a Naruto, luego sigue explicando que Jiraiya siempre lo observaba y lo cuidaba, que incluso ahora, desde algún lugar estaría cuidándolo, y le dice que de seguro a su sensei sannin no le gustaría que estuviera así, ya que siempre trataba de alegrarlo en malos momentos, y le dice que seguirá confiando en él, que no podía estar deprimido para siempre. En eso Iruka toma la paleta de las manos de Naruto, la parte y le da la mitad a Naruto, justo como lo hacía Jiraiya, mientras le explica que él es el aprendiz de uno de los ninjas más poderosos de la hoja, finalmente Naruto sonríe, mientras le da las gracias a Iruka sensei.

Luego se ve a Tsunade que le da una foto a Shikamaru del código en la espalda del sapo ermitaño, y le dice que quiere que lo descifre, pero éste se queja diciendo que podría tardar mucho, pero Tsunade le dice que solamente lo haga, sale de su oficina, dejando solos a Shikamaru y Sakura, éste se sigue quejando y Sakura simplemente le dice que lo haga. Mientras tanto Tsunade recuerda a su compañero Jiraiya, también recuerda el día en que lo conoció, después de esto, maldice por lo bajo y comienza a llorar amargamente por la muerte de su amigo. Mientras tratan de descifrar el código, a Shikamaru le dicen que alguien que sea cercano a Jiraiya podría decirle alguna pista, va con Kakashi que no le da ninguna pista y le dice que vaya con Naruto, aún deprimido por la perdida de su maestro. Shikamaru lo lleva al hospital donde está Kurenai embarazada, Naruto se sorprende de su estado y hasta bromea, pero Shikamaru le dice que ese niño va a ser su aprendiz, puesto que Asuma se lo pidió antes de morir. Ahí se revela lo que Asuma le susurró antes de morir. Shikamaru al fin hace reaccionar a Naruto cuando lo hace comprender que no siempre serán niños, ya que algún día un niño los llamará "sensei", que siempre hay que seguir adelante y tratar de ser como sus maestros: Asuma y Jiraiya quisieron que fueran, o mejores aún de lo que querían que fueran; al final Naruto sonríe, ahora Shikamaru le da el código que seguramente esta dirigido a Naruto.

Finalmente descifran el código con ayuda de Naruto, ya que el primer número del código es reconocido por Naruto como un katakana y no como un número. Con base a esto, con la katakana y el libro Icha Icha número tres, que tiene la katakana en la portada, utilizan los demás números con las páginas y las primeras frases de cada una de éstas, el mensaje es: EL VERDADERO NO ESTÁ ENTRE ELLOS. Al no saber lo que significa deciden llamar a Fukasaku, quien junto con Jiraiya, luchó contra Pain. Finalmente Pain revela un nuevo cuerpo cuando se prepara junto a Konan para partir a Konoha, donde se llevara a cabo el cumplimiento de la profecía revelada a Jiraiya mucho tiempo atrás...

Después aparece Suigetsu interrogando a un anciano del clan Yosutki sobre el ocho colas, no quiere decir nada. Pero Sasuke logra que hable con el Mangekyō Sharingan. Suigetsu se molesta, Karin se enamora aún más de él y Juugo cree que el lugar detendrá sus intenciones asesinas, parece ser que ocho colas está entrenando en la montaña Unraikyo del país del trueno, lugar donde están. Mientras tanto Naruto pregunta a Fukasaku, maestro de Jiraiya, qué significa la frase EL VERDADERO NO ESTÁ ENTRE ELLOS pero él no sabe nada, y Sakura informa a Naruto de que el interrogatorio y la autopsia tienen para largo, recalcando Tsunade que la autopsia duraría una semana. Fukasaku propone a Naruto entrenar a este último como hizo con Jiraiya. Mientras aparece al final del episodio el jinchuriiki de ocho colas, y parece ser que no soporta mucho la luz y tiene aspecto tenebroso, creyendo que puede ser muy fuerte.

Luego, Naruto y Fukasaku se marchan hacia Myobokuzan , por el entrenamiento de Naruto. Mientras tanto Konan y Pain se acercan cada vez más, reconociendo que la misión que se les ha encomendado es importante. Naruto, gracias a una invocación inversa, llega al lugar de donde los Gama son invocados, allí, Fugasaku le dice que le enseñará a Naruto las "técnicas del ermitaño" o senjutsus, juntando la energía de lo que te rodea con el chakra. Para hacerlo, Gamakichi le explica a Naruto que debe ser uno con la naturaleza o mejor dicho, debe morir.

Mientras tanto, Taka encuentra al jinchuriki poseedor del Hachibi "Killerbee" y le dicen que será capturado.Se inicia la pelea entre Taka y el Hachibi, con un ataque de Suigetsu, pero el jinchuuriki lo repele fácilmente con una fuerza sorprendente. En Myobokuzan, Fukasaku le dice a Naruto que no es necesario que muera, reprochando a Gamakichi y diciéndole a Naruto que para ser uno con la naturaleza debe quedarse quieto y sentir el flujo alrededor de él. Fukasaku le pone un poco del aceite del sapo a Naruto diciéndole que es una forma más rápida de controlar los senjutsus, pero si Naruto se tarda mucho se convertirá en un sapo para siempre, y era tan difícil que ni Jiraiya pudo hacerlo. En Unraikyo, el Hachibi derrota a Jūgo fácilmente y Sasuke se prepara para pelear.

Sasuke inicia la pelea contra Hachibi, Sasuke saca su espada y revela que su objetivo al unirse a Akatsuki era obtener más poder, cuando se disponía a atacar, "Killerbee" saca sus 7 espadas y ataca a Sasuke, luego este utiliza un Chidori sobre su espada, pero cuando ataca a Hachibi, este se defiende fácilmente "absorbiendo el ataque". Sasuke se encuentra en problemas. Gracias a su chakra, Sasuke pudo evitar salir herido de gravedad pero aun así,Karin usa su curación con lo cual el Uchiha sale libre y a la distracción de Jūgo y Suigetsu, que apremian al líder a atacar juntos. El Ocho Colas es puesto en aprietos y decide escapar, sin embargo Karin nuevamente logra encontrarlo, a lo que el Ocho Colas responde preparándose para mostrar su verdadero poder. El Ocho Colas decide liberar una de sus colas y ataca brutalmente al equipo de Sasuke, que con su Sharingan y la ayuda de Karin detecta la pauta de sus movimientos, finalmente el Uchiha utiliza su Tsukuyomi para detenerlo, sin embargo el chakra de la bestia rompe la ilusión y Sasuke resulta gravemente herido, mientras Jūgo planea utilizar su propio chakra para curar al líder de Taka, el portador de la bestia se transforma totalmente en un gigantesco y monstruoso ser en forma de toro que aterroriza al equipo. Mientras Jūgo trata de curar a Sasuke a costa de su propia vida, Suigetsu trata de proteger a sus compañeros pero el gran poder del Bijū lo derrota fácilmente, cuando el grupo parece perdido y derrotado, Sasuke piensa en sus antiguos y nuevos compañeros y libera el Amaterasu, mientras tanto, Naruto ya sabe como controlar el senjutsu, y su diferencia de apariencia en estado ermitaño con su estado normal no es mucha.

Sasuke con su Amaterasu fuera de control quema a Karin casi matándola, pero luego logra apagarlo con su Mangekyō Sharingan. Utilizando de nuevo el Amaterasu, Sasuke logra vencer a "Killerbee", luego Taka se lo lleva de la aldea de las nubes. Y en Myobokuzan, Naruto recibe de manos de Fukasaku el primer libro que escribió Jiraiya, donde puso mucho esfuerzo y sacrificio; termina diciéndole que allí puso todo su corazón. Naruto comienza a leer el primer libro de Jiraiya donde el protagonista tiene un increíble parecido con el mientras que a la vez recuerda momentos con Jiraiya en los que le pedía consejos de su experiencia con Orochimaru para solucionar su conflicto con Sasuke. Mientras en el escondite de Taka, Sasuke y el resto del equipo se encuentran con Madara; este interroga a Sasuke en cuanto a sus intenciones con Konoha, revelando que su intención es la de destruirla, ya que relaciona la tragedia del clan Uchiha con el bienestar del resto de la aldea, por lo que todos son culpables y merecedores de su venganza. Mientras tanto, en la aldea de las Nubes el Raikage es enterado del secuestro de Killerbee, su hermano y promete ir a rescatarlo.

El entrenamiento de Naruto llega a su esplendor ya que tendrá que llegar a modo ermitaño sin el aceite de Myobokuzan, lo que le resulta imposible por que no tiene la capacidad de quedarse inmóvil. Por este motivo Fukasaku lo lleva a un lugar para que aprenda a quedarse inmóvil. Sasuke sigue con su intención de destruir a Konoha con Taka y empieza a sentir los efectos del Mangekyō Sharingan al empezar a ver borroso. Karin advierte que los hombres del Raikage los han seguido y Sasuke sale a investigar a las afueras de la guarida y mata a los espías. Ante esto, el Raikage decide convocar a una reunión de los cinco Kages mientras manda a sus mejores hombres tras Sasuke. Naruto puede usar el modo ermitaño sin el aceite y se pregunta si se esta haciendo más fuerte.

La Destrucción de Konoha Manga 419-429
Naruto trata de mejorar una técnica nueva en las noches sin la supervisión de Fukasaku. Konan y Pain están atacando Konoha y buscando al Kyubi. Mientras tanto, Killerbee ha escapado de las manos de Akatsuki. Mientras Pain y Konan comienzan el ataque a la villa, y dejando un rastro de cuerpos, Pain se encuentra con Iruka y le pregunta sobre el Kyubi, pero el chunnin se niega a responder, por lo que Pain responde con un ataque siendo frenado por Kakashi con el cual comienza una batalla campal.

Shizune continúa con la autopsia del cuerpo de Pain que manejaba las invocaciones y descubre como funciona su técnica para sellar el chakra, al igual que Inoichi Yamanaka e Ibiki Morino, que tratan de leer la mente de uno de los "6 cuerpos" de Pain, pero la mente de este ninja está con la protección de algún poderoso genjutsu. Inoichi logra romper esa barrera de protección y llegar directo a su mente, pero justo en ese momento Ino Yamanaka lo interrumpe diciendo que Konoha está siendo atacada por Pain. Tsunade ordena la alarma a la villa y ordena que llamen a Naruto, él cual ya casi ha finalizado su entrenamiento de las técnicas del ermitaño. Fukasaku le explica las ventajas y desventajas del modo ermitaño y le brinda su apoyo para la batalla contra Pain donde utilizarán la fusión de cuerpos. No obstante los ancianos consejeros tratan de impedir que eso suceda, argumentando que Naruto no es una herramienta para enviar a combatir a lo que Tsunade le responde que siendo un Shinobi de Konoha, Naruto está en la obligación de defender a su hogar.

Mientras eso pasa, Kakashi se encuentra en serios apuros ante la inefectividad de sus ataques en contra de Tendo; cuando en ese instante Tsunade le ordena a la rana de conexión que parta a Myobokuzan y le avise a Naruto y a Fukasaku de lo que esta sucediendo en Konoha mientras que ella y los shinobis de la aldea se encargarán de los invasores, luego se retiran todos de la habitación. Cuando esto pasa, antes de que la rana partiese, Danzou decide moverse por su propia cuenta y después de decir que con esto el jinchuuriki del Kyubi no intervendrá más, mata a la rana. Mientras tanto en la batalla entre Kakashi contra Tendo, aparece otro cuerpo de Pain, el del reino de los demonios (quinto cuerpo), creando juntos una estrategia perfecta, el primero con un jutsu de atracción y el otro atacando, sacándose de su cuerpo dos brazos más y como un estilo de cola con un kunai. En ese instante Kakashi realiza un clon de rayo y aparecen Chouza y Choji Akimichi que le dejan herido al 5to cuerpo. Kakashi explica a sus compañeros sobre las técnicas de Pain que sabe controlar la gravedad. Kakashi hace una estrategia, se mete por la tierra y aparece debajo de Pain y lo agarra de las piernas, mientras tanto Chouji y Chouza con su técnica de remolino van contra Pain pero este los expulsa fácilmente, Pain se da cuenta que esta atrapado de cadenas y que la estrategia de Kakashi era acercarse lo suficiente para poder encadenarlo y sus compañeros agarrar la cadena. Mientras tanto Naruto comienza a practicar la fusión de cuerpos con su maestro. En el escenario de la pelea, Kakashi va con su Raikiri listo para matar a Pain pero aparece súbitamente el anterior cuerpo (al que hirieron los Akimichi) y recibe el golpe directo y Pain hace volar a todos. Kakashi atrapado entre escombros y sin chakra se da cuenta de algo. En ese momento Pain agarra un clavo y lo tira a la cabeza de Kakashi y se muestra como la cabeza de Kakashi recibe el clavo y salpica sangre. Luego Pain se retira y el quinto cuerpo ataca con un misil a Choji, quien estaba lamentando la muerte de su padre. Kakashi envía el misil a otra dimensión utilizando su Mangekyō Sharingan, lo que lo deja moribundo.

Mientras tanto Tsunade amplifica el poder curativo de Katsuju y Danzo revela que su plan es ser Hokage. Inoichi y los demás ven en la mente del ninja atrapado que Konan le entrega un cuerpo desconocido al ninja y se dice que en una torre en la Aldea se encuentra el verdadero Pain. La autopsia sigue y en el momento son atacados por dos Pain, uno que Inoichi revela que lo había visto como un cadáver, mientras que Ibiki Morino le dice a él que se vaya con Shizune para decir a la Hokage todo lo que se sabe. Mientras que Kakashi empieza a recordar la promesa que le había hecho a Obito y en un extraño sueño pre muerte inicia una plática con su padre. Por otra parte, la fusión de Naruto con Fukasaku se ve impedida por un rechazo de parte del Kyubi.

Mientras tanto, uno de los cuerpos de Pain, sigue intentando sacar información de Naruto, pero no lo consigue. Konahamaru justo observa cuando Pain le quita el alma a dos ninjas de Konoha y por ese motivo hace ruido, el líder de Akatsuki lo descubre. Pero en ese momento llega Ebisu y rápidamente Pain lo interroga y el jonin recuerda a Naruto y se niega a responder. Pain intenta matarlo pero Konahamaru le arroja unos cuantos shuriken, desviando su atención. Mientras tanto, en la sala de investigación, Ino y los demás intentan encontrar información mientras que Ibiki y los ANBU retienen a otro Pain con el cual deben luchar. Konohamaru recuerda la promesa que hizo con Naruto y se enfrenta valientemente a Pain que se abalanza sobre él. En la montaña sapo, Naruto se encuentra entrenando duramente para intentar dominar el chakra natural mientras se encuentra en movimiento pero no lo logra. Fukasaku le dice que es algo imposible y que nunca antes había intentado hacerlo, pero Naruto no se da por vencido y logra gracias a un las palabras de Fukasaku una táctica para poderlo hacer el cual es usar el Kage bunshin no jutsu.. Mientras tanto Tsunade se encuentra aún curando a los ninjas heridos a través de su invocación, cuando se da cuenta del estado de Kakashi (aparentemente muerto); es en ese momento cuando llega Choji y le advierte acerca del control de la gravedad de Pain y del pequeño intervalo entre técnica y técnica que existe en el que Pain no puede utilizar su habilidad (5 segundos), es ahí cuando Tsunade le informa a Choji que su padre aún tiene posibilidades de sobrevivir. Mientras tanto en la morgue uno de los cuerpos de Pain ha llegado donde se encontraba el cuerpo derrotado por Jiraiya cuando repentinamente es atacado por Kiba y su madre. Este Pain se defiende usando el cuerpo del Pain muerto como escudo, confirmando que este no soporta los ataques cuerpo a cuerpo. Por otro lado, Shino y su familia se preparan para pelear con Konan. Finalmente el Pain (Yahiko) llega donde Tsunade, esta lo reconoce y él le dice que había pasado mucho tiempo sin verla.

Mientras tanto Konahamaru y Pain se suman en una batalla cuerpo a cuerpo hasta que Pain logra capturar a Konohamaru contra la pared e intenta absorberle su esencia con su técnica, en ese Konohamaru recuerda un entrenamiento con Naruto, donde el pensaba que se trataba de un nuevo Jutsu sexi; En medio de eso Ebisu Sensei intenta ayudar a Konohamaru que se encontraba contra la pared pero es expulsado por Pain. Cuando resulta que el que se encontraba contra la pared era un Clon de Sombras. Mientras el Konohamaru original preparaba un Rasengan que estrello contra Pain. Mientras Inoichi, Ino y Shizune descubren que el verdadero Pain se encuentra en otro lugar de Konoha controlando 6 cuerpos sólo con Chakra, hasta que llega otro cuerpo de Pain que usa la técnica del Clan Yamanaka para leer mentes sobre Shizune, y descubren que Naruto está en la montaña de Myobokuzan. Mientras tanto, Tsunade y Yahiko siguen conversando, y éste le explica las intenciones de Akatsuki y le pregunta la ubicación de Naruto pero ella se rehúsa a contestar y le dice que no subestime ni a ella ni a Naruto por que es muy fuerte. Enseguida el Pain del reino de los dioses recibe la señal del Pain del reino humano, descifrando la ubicación de Naruto (Myobokuzan). Seguido de esto el Pain del reino Humano sustrae el alma de Shizune para sorpresa de Ino y su padre.

El Pain del reino de los dioses se presenta ante Tsunade y después de hablar con ella decide que eso es todo por ahora y segundos después ordena que todos los cuerpos supervivientes se retiren para realizar una devastadora técnica llamada "Shinra Tensei" con la cual destruye por completo a Konoha, al mismo instante Fukasaku se entera de la muerte del sapo mensajero y deduce que algo terrible pasa en Konoha y avisa a Shima que estaba cerca de Konoha que deben invocar algo poderoso y le dice a Naruto que se prepare. Luego de la devastadora explosión del "Shinra Tensei" Sakura entre los escombros al ver el montón de cadáveres, clama llorando por el retorno de Naruto, después de eso Pain ve aparecer un gran pergamino ente los escombros del cual aparecen varias sombras.

La erupcion del Ermitaño Naruto vs Pain Manga 430-450
Las sombras del pergamino resultan ser Naruto acompañado de varios sapos (entre ellos Fukasaku y Gamabunta). Al llegar, Naruto no reconoce el lugar, entonces Shima le dice que está parado sobre las ruinas de Konoha. En ese instante Fukasaku le confirma que el responsable de la destrucción es Pain. Los habitantes de Konoha han sobrevivido gracias a que Tsunade uso Souzou Saizei en Katsuyu para que distribuyera su chakra entre los habitantes. Pain se da cuenta de la llegada de Naruto y luego de regenerar a uno de sus cuerpos, invoca a todos para que se reúnan con Pain Yahiko, quien esta con Tsunade. Konan mientras tanto se aleja para cuidar del cuerpo del verdadero Pain. El Pain del reino de los demonios se dispone a rematar a Tsunade cuando Naruto interviene y lo elimina fácilmente. Naruto llama a Gamakichi y le pide que lleve a Tsunade a un lugar seguro quien le dice que se lleve a Katsuyu ya que tiene información importante.

Tras esto comienza una de las batallas más grandes de la serie . Naruto vs Pain, empezando el combate Pain quien invoca a varios animales, los cuales no son rivales para Naruto quien los derrota con un doble Rasengan gigante y luego estos son rematados por los sapos. Naruto se encara con uno de los Pain y cada uno se lanza un puñetazo simultáneo, ambos parecen errar en el blanco, pero Naruto le da usando la energía natural del modo ermitaño y este sale despedido por el golpe, siendo derrotado. Después Naruto realiza el Futon: Rasen Shuriken ya completado y lo lanza contra Pain, con ello acabando con otro Pain partiéndolo en dos. Debido a la gran cantidad de chakra usada por Naruto, el modo ermitaño esta apunto de terminar. Gamabunta aprovecha una nube de humo para meter a Naruto y a Chikushodo dentro de su boca cortando el rango de visión del rinnegan y permitiendo a Naruto acabar con ella. Al salir Naruto pierde el modo ermitaño.

Pain corre hacia Naruto para tratar de herirlo. Fukasaku le grita a Naruto que le de el pergamino que esta cargando, lo abre y hace una invocación. Le explica a Shima que Naruto antes de salir de Myobokuzan dejó dos clones recolectando chakra, así al deshacer el clon le otorga la energía al Naruto original, de esta forma recupera el modo ermitaño.

Naruto realiza el Rasen Shuriken y lo lanza pero el Pain que absorbe los ataque revive y repele el ataque. Naruto se da cuenta que Pain trata de revivir a los demás, así que vuelve a lanzar el Rasen Shuriken pero cuando Pain trata de detenerlo se da cuenta de que era una transformación del mismo Naruto quien le da una tacleada al Pain que iba a absorber el Rasen Shuriken. Naruto ataca a Pain Yahiko con un segundo Rasen Shuriken pero este lo rechaza al recuperar su energía. Naruto procede a atacar al Pain que revive con dos Rasengan quien muere después del ataque. El clon de Naruto esta por atacar al Pain que absorbe chakra pero Pain Yahiko usa su Shinra Tensei, expulsando a los clones y destruyéndolos. Los tres sapos atacan a Pain pero éste vuelve a utilizar su técnica y los aleja. Naruto procede a atacar a Pain Yahiko quien lo atrae hacía él para que el otro Pain lo atrape extrayéndole su chakra y perdiendo el modo ermitaño, pero al no poder controlar la energía natural rápidamente se petrifica convirtiéndose en sapo.

Pain con su espada atraviesa a Fukasaku y posteriormente atraviesa las manos de Naruto en el suelo, dejándolo inmóvil. Mientras tanto Shikamaru y los demás descubren que el verdadero cuerpo de Pain esta en la parte mas alta de Konoha. Mientras tanto, Pain Yahiko explica a Naruto que la acción de las Aldeas grandes como Konoha, interfirieron en la Aldea de la Lluvia, justificando así la destrucción de la villa.

Mientras tanto, el equipo Gai se acerca a Konoha. Pain clava estacas en el cuerpo de Naruto, sin que toquen puntos vitales. Shima trata de animar a Naruto pero Pain la ataca y en ese momento aparece Hinata atacándolo ante la sorpresa de Naruto. Naruto le dice que se vaya ya que no es rival para Pain. Hinata le confiesa a Naruto sus sentimientos por él y se dispone a atacar a Pain pero este la contrarresta con un Shinra tensei dejándola inconsciente, para luego rematarla con una de sus espadas. Al ver esto, Naruto enojado libera el poder del Kyubi, mostrando 6 colas. El sello implantado por Yamato y Kakashi trata de controlarlo, pero es inútil ya que Naruto destroza el collar de Tsunade. Naruto se lanza sobre Pain hiriéndolo considerablemente.

En esos momentos, Yamato, Sai y Anko, están tratando de ubicar a Kabuto, Yamato percibe que el sello se rompió y que Naruto liberó 6 colas, haciendo que el grupo regrese a Konoha. Pain Yahiko se aleja de la villa para acercarse a su verdadero cuerpo y así poder ejecutar un Chibaku Tensei, que encierra a Naruto dentro de una gran masa de tierra. Entonces el kyubi suelta la 8va cola. Naruto esta confundido y a punto de liberar el sello del Zorro de las 9 colas totalmente, sin embargo, es detenido por el cuarto Hokage quien uso un jutsu para aparecer en la mente de Naruto cuando el kyubi liberara 8 colas. Cuando el Cuarto y Naruto hablan, este le revela que es su padre y que sello al Zorro dentro de su cuerpo para que pudiera detener al verdadero responsable del incidente del Zorro de las 9 colas quien presuntamente es Tobi de Akatsuki. Luego de volver a sellar al kyubi dentro de Naruto, el Yondaime se va y Naruto vuelve a la normalidad.

El Chibaku Tensei de Pain se desmorona y Naruto vuelve al modo Sennin, este se da cuenta de que sus clones recolectores han desaparecido por convertirse en el Zorro. Naruto ve Konoha destruida y se lamenta por Hinata, y por el resto de la villa, Naruto idea un plan para rastrear al verdadero Pain e inmediatamente Pain se lanza contra Naruto, a lo que éste esquiva su ataque y rompe parte de su espada y se la clava él mismo en su cuerpo para descubrir la fuente emisora de chakra y la localización del verdadero Pain.

Naruto se prepara para tirar el Rasen Shuriken que Pain le contesta con su Shinra Tensei, pero este se sorprende al descubrir que no es más que un señuelo ya que en la sombra del primero viene otro Rasen Shuriken, tal como lo hicieron Naruto y Sasuke contra Zabuza en el pasado. Mientras, el equipo Gai ha llegado a Konoha y Sakura cura a Hinata quien sólo estaba herida, y sabiendo que ella ama a Naruto.

Pain trata de esquivar el Rasen Shuriken, pero dos clones previamente camuflados como escombros tratan de agarrarlo por los tobillos. Pain los apuñala con sus lanzas negras, entonces él lo esquiva. Naruto pierde el modo Sennin y muchos Kage Bunshins también camuflados como piedras atacan a Pain, pero el lapso de 5 segundos del Shinra Tensei llega al límite y vuelve a usarlo para mandar a volar todos los clones, estos se reagrupan y sujetan al verdadero Naruto para que resista el ataque de Pain. Entonces Naruto comienza a hacer un Rasengan y siendo lanzado por sus clones impacta a Pain, que finalmente termina siendo derrotado por Naruto.

Naruto recuerda todos los momentos de la pelea con el líder de Akatsuki, Sakura acaba de curar del todo a Hinata. Todos en la aldea se enteran de la victoria de Naruto, Rock Lee se muestra motivado, y Hinata se echa a llorar en secreto de alegría. Naruto se vuelve a clavar una espada proveniente de Pain para volver a localizar a Nagato y mientras va en busca de él, Neji le pregunta Katsuyu a dónde se dirigía, respondiéndole que se va a por el verdadero Pain, se preocupan los demás, y Neji y los demás le piden que los lleve hasta dónde va Naruto. Luego, Shikaku, Ino y Kou se encuentran con él, quien se dispone a ir con el cuerpo original de Pain y los convence de que lo dejen ir solo, Inoichi trató en hacerle entender que es una locura, pero Shikkaku finalmente le pidió que le dejara ir, y finalmente le dejó, empezó a recordar los momentos de conversación con Shikamaru, admitiendo que quiere caminar, ayudar y a estar con Naruto, Shikkaku reconoce que sabe que Naruto se convertirá en alguien más importante en el mundo de los ninjas, dejándole su confianza a Naruto. Al llegar Naruto se topa cara a cara con Konan y el verdadero Pain: Nagato. Este último dice: "la paz está frente a mí".

Es entonces que Naruto se aproxima a Nagato y recuerda todos los puntos importantes por los que se encuentra ahí, como son el ver el cuerpo de Jiraiya y de Kakashi, así como las palabras de Pain y de su padre; Nagato aprovecha que Naruto se acerca a él para lanzarle una estaca y así controlarlo, pero no puede pues los poderes del Kyūbi y los del modo Sennin se mezclan en Naruto y Nagato se da cuenta que no esquivó su estaca a propósito y sin embargo Naruto le dice que sólo ha ido para hablar, aunque expresándole que sigue odiándolo, le manifiesta que al principio Jiraiya le había dicho que algún día se entenderían, él no le creyó y pensó que sería una tarea fácil y sin embargo, no lo era, Nagato le dice que todos los pensamientos de Jiraiya eran irreales, es entonces que Naruto le pide a Nagato que le cuente su historia, como es que su estudiante terminó siendo lo que es ahora y es entonces que Nagato le cuenta que una de las razones fue el ver como ninjas de Konoha asesinaron a sus padres confundiéndolos con el enemigo en la Batalla contra la Aldea de la Lluvia.

El pequeño Nagato despierta y ve a los ninjas de Konoha muertos y se pregunta que pasa. Al buscar a su padre y a su madre llora al verlos muertos, Nagato argumenta que sus padres murieron por una guerra que inició Konoha. Se ve al pequeño Nagato en las tumbas de sus padres despidiéndose de ellos. Nagato encuentra a un perro y van en busca de comida, pero nadie les quiere dar, al estar a punto de morir de hambre Konan le da una pieza de pan. Konan lleva a Nagato a una cueva, donde está Yahiko, ellos roban comida a los mercaderes para poder sobrevivir, Yahiko tiene el sueño de conquistar el mundo para que no hayan más guerras, Nagato le responde que justo como un Dios, un kunai con un sello explosivo cae desde el cielo y explota frente a ellos, todos salen volando, al preguntar Yahiko si todos están bien, ven que el perro está muerto. Yahiko descubre que hay una batalla entré Salamandra Hanzou y Ninjas de Konoha, que resultan ser Jiraiya, Tsunade y Orochimaru. Los niños huyen del lugar, Yahiko dice que si la guerra continua él llegará a ser el nuevo Dios del mundo, es allí cuando los sueños de este también pasan a ser los de Nagato. Durante el entrenamiento con Jiraiya, Nagato mata a un ninja enemigo para salvar a Yahiko y Jiraiya les dice que deben buscar su propio camino. Con el tiempo Yahiko, Konan y Nagato tras separarse de Jiraiya crean una organización con algunos ninjas de la aldea de la Lluvia para conseguir la paz, pero Salamandra Hanzou creyendo que eran una amenaza a su posición como líder de la Lluvia forma una alianza con Danzou, proponiéndole que lo hará llegar a ser Hokage si lo ayudaba, secuestran a Konan y Danzou le dice a Yahiko que debe morir a manos de Nagato para que la chica sobreviva, Nagato se niega, toma un kunai, pero rápidamente Yahiko se abalanza sobre Nagato, suicidándose. Este es el segundo dolor de Nagato, la muerte de Yahiko.

El dolor de ver a su mejor amigo muerto paraliza momentáneamente a Nagato, lo que aprovechan los demás ninjas de Hanzou para atacarlo con kunais, pero él reacciona y utilizando el Rinnengan detiene los kunais con el Shinra Tensei. Luego rescata Konan perdiendo sus piernas debido a una de las técnicas Katon de Danzou, después le pide a Konan que se quede junto a Yahiko tras el asombro de Hanzo de que Nagato siga moviéndose con sus piernas totalmente quemadas.

Los ninjas vuelven a atacarlo, pero él los vence fácilmente con una ilusión de dragón creada por su Rinnengan que termina por absorberles las almas a todos sus oponentes. Hanzo viendo la masacre de sus ninjas y de los ANBUS de Konoha se escapa por medio del Shunshin no Jutsu antes de que la técnica lo atrape.

Posteriormente regresan al tiempo actual y Nagato le dice a Naruto que luego de la muerte de Yahiko él pasó a ser el líder de su equipo y que después de eso murieron muchos amigos más por la guerra y que sería imposible encontrar la paz debido al odio que existe en el mundo ninja. En seguida Nagato termina su historia y le pide a Naruto que le diga su respuesta.

Naruto recuerda a Jiraiya y el libro de él que le regaló Fukusaku y le dice que lo entiende y que tiene razón, lo que hace que Nagato y Konan se sorprendan, pero que todavía lo odia, haciendo que Nagato se predisponga a luchar y decirle a Naruto que acaben de una vez por todas con la pelea, sin embargo Jiraiya confiaba en él (en Naruto) y le dice que él cree en lo que creía Jiraiya (llegará el día en que las personas puedan entenderse y que pueda existir la paz) terminando de decir que esa es su respuesta y que por eso no lo matará, asombrando aún más a Nagato y Konan por su piedad y perdón, antes de que Nagato se prepare para su último Jutsu.

Nagato hace su jutsu, el Gedou Rinne Tensei, mediante el cual invoca una gigantesca "estatua" de cuya boca salen todas las almas de los caídos en la destrucción de Konoha, por lo que le devuelve la vida a todos los que antes se la había quitado, entre ellos, Kakashi, Shizune, Fukusaku, Gamabunta (quien se encuentra con el Anciano Sapo que dice que todo ha acabado y que no puede creer que dos alumnos de Jiraiya fueran el "Chico de la Profecía"), entre otros. Pero por el nivel de chakra utilizado y por el poder de este jutsu, Nagato empieza a morir, su cabello cambia a un color blanco y este comienza a adelgazar.

Mientras esto sucede, Kakashi está hablando con su padre y le dice que hizo lo correcto y que está orgulloso de él. En ese instante una luz se apodera de Kakashi y su padre le dice que no era su hora aún, que tiene todavía muchas cosas por hacer y que debe de proseguir con su viaje para finalmente poder ver de nuevo a su esposa. Kakashi despierta al lado de Chouza y Chouji Akimichi que no se explican que ha pasado. Al mismo tiempo, Naruto se pregunta que efecto tiene ese jutsu y Konan le explica que Nagato es el séptimo Pain, maestro de los otros 6 cuerpos y sus técnicas. Explica también que por ser el poseedor del Rinnengan, Nagato está por encima de la vida y la muerte, por lo que su Gedou Rinne Tensei regresa la vida a las personas que antes le había quitado, lo cual es confirmado por Katsuyu.

Nagato queda más débil y le dice a Naruto que le deja su esperanza, que la guerra es sólo odio y dolor para ambos bandos y que las generaciones que no conocían este significado no deberían morir, que la muerte en la guerra es basura, que confía en él y que debe hacerle frente de ahora en adelante. Dice además que su papel en este mundo ha finalizado y muere. Konan envuelve los cuerpos de Yahiko y Nagato en su jutsu de papel y antes de marcharse hace un ramo de flores en representación de la esperanza y los sueños de sus amigos y se lo regala a Naruto mientras le dice que va a abandonar Akatsuki y que la Aldea Oculta de la Lluvia le ayudará a cumplir estos sueños. Dicho esto, toma los cuerpos de Yahiko y Nagato y se marcha. La escena cambia y se ve a Taka preparándose en un lugar para partir finalmente hacia Konoha.

La reunión de los Kages Manga 451-459
Naruto regresa triunfal a Konoha y se encuentra con todos los ninjas felicitándolo y agradeciéndole por haber salvado a la villa. Hinata llora otra vez privada de alegría al ver a Naruto que está vivo todavía, Sakura aparece de entre la multitud bastante molesta y lo golpea en la cabeza arremetiéndole que es un idiota e imprudente, antes que Naruto pueda reaccionar Sakura le da un cálido abrazo diciendo "Gracias..." demostrando lo preocupada que estaba por él. Iruka ve a la distancia como Naruto es amado por la aldea dejando salir una pequeña lágrima de emoción.

En Akatsuki se informa que Pain ( El Verdadero) fue derrotado y que Konan abandona la organización (información aportada por Zetsu), por lo que Madara manda a Kisame a capturar al ocho colas, Sasuke y los demás de Taka se dirigen a Konoha, mientras los tres ninjas del equipo Samui de la Aldea de la Nube al mando del Raikage se dirigen a Konoha y la encuentran devastada. Shikaku va a una inmediata reunión de los sabios de Konoha donde tienen que decidir quien va a ser el nuevo Hokage de la aldea mientras Tsunade se recupera de las heridas de la guerra y que está en coma debido a todo el chakra que le transmitió a Katsuyu para salvar a los aldeanos. Shikaku propone a Kakashi, pero Danzou interfiere diciendo que los graves daños de Konoha fueron causados por consecuencia de las supuestas malas acciones del Tercer Hokage durante su gobierno y que sólo pueden ser reparados por él por medio de su mandato de "mano dura", por lo que el alto consejo lo nombra el 6º Hokage. Después de ser nombrado Danzou como sexto Hokage (Rokudaime), la población de Konoha empieza a reconstruir la villa, gracias a la ayuda de Yamato, que construye a través de su jutsu, unas cuantas casas, para que la gente pueda pasar la noche mientras se reconstruye la villa. Mientras tanto Naruto y Sakura están hablando apenados por la situación de Tsunade, Naruto el cual le quería decir muchas cosas. Estos dos se encuentran con Inari y Tazuna, quienes con tan solo enterarse de la noticia, vienen para ayudar. Naruto se pregunta donde estará Sasuke, el cual ya se está dirigiendo a Konoha.

Kiba les informa a Naruto, Kakashi y a Sakura de que han nombrado a Danzou como " sexto Hokage ", Kakashi sospecha que algo malo está por ocurrir, y que Danzou hizo incluir a Sasuke en la lista de los ninjas renegados, además de destituir a Tsunade de su cargo como Hokage. Sai habla con Naruto y Sakura y les revela que Danzou les coloca un sello en la boca a los ANBU de la Raíz para que no hablen acerca de Konoha o del mismo Danzou en frente de un enemigo, en ese momento los ninjas de la aldea de la Nube aparecen y al oír hablar sobre Sasuke los atacan para sacarles información, contándoles que Sasuke ahora es miembro de Akatsuki y secuestró a su maestro "Killerbee". Naruto y Sakura están impactados y éste se pregunta que le está pasando a Sasuke.

Mientras tanto, Sasuke se dirige a Konoha, pero es interceptado por Tobi (Madara), Sasuke le asegura que ya no pertenecen más a Akatsuki, pero este le advierte que el pago por la traición a la organización es la muerte y le recrimina al no cumplir la misión de la captura del 8 colas (Hachibi), pero Karin dice que efectivamente entregaron al Jinchuuriki. Tobi responde que fueron engañados por este, pero Sasuke asegura que vio todo el momento de la captura con su Sharingan, pero luego cae en cuenta de su posible error. Tobi les dice que el Hachibi se burló de ellos y que se siente defraudado, pero que ya no importa y que tienen otra tarea que cumplir como integrantes de Akatsuki. Sasuke altanero, pregunta qué pasaría si se negara a lo que Tobi responde que tendrían que derrotarlo si van a Konoha porque no los dejará pasar. Sasuke intenta atacarlo con un Chidori, pero lo atraviesa sin hacerle ningún daño como ha sucedido con otros ataques anteriormente, Tobi les advierte que si se proponen d