The Elder Scrolls V: Skyrim: Reinstalar skyrim con mods

Hola lo que quiero hacer es reinstalar el juego y algunos mods para limpiar todo y evitar los constantes crash y freeze, mi pregunta es si debo eliminar todos los mods junto al NMM o simplemente desinstalo los mods?
Nota: ya use el BOSS y el TESV.edit pero tanto modear me dejo lleno de archivos basura.
Gracias de antemano.