[AYUDA] Semi formateo solo.

¡Buenas noches!

Les explico qué pasó, hace unas 2 horas aproximadamente estaba jugando perfectamente con mi 3DS(Para ser más específicos Pokémon Y) y mientras jugaba me di cuenta que se me estaba acabando la batería de la consola, la apago y la pongo a cargar, tras haberla cargado, la enciendo para jugar.

El menú estaba perfecto cuando la encendí, y cuando voy a jugar Pokémon(Digital) me sale un anuncio que dice: "Su partida se ha dañado. Consulte el manual de instrucciones". Tras esto, abro dos juegos que tenía aparte descargados: Muttans Muds y Super Mario de la SNES y me salía un anuncio que decía: "Vuelve a descargarte los juegos en eShop". Reinicio la consola, y los iconos desaparecieron exceptuando  Pokémon Y. 

¿Qué fue lo que pasó? ¿Qué pudo ocasionar esta especie de formateo?

¡Muchas gracias!