Juegos comprados en la eShop

Hola, tengo una duda sobre las compras por eshop de la 3DS. La verdad es que el sistema que se maneja nintendo con las tarjetas SD, las descargas y los cartuchos fisicos de los juegos me parece muy complicado. 

Yo me compre Pokemon X por la eshop y se descargo en mi SD. Se que, ante cualquier cosa, puedo volver a descargar el juego cuantas veces quiera desde mi cuenta. Mi duda es, que pasa si meto otra tarjeta SD y descargo el juego? Puedo jugar normal como si fuese una partida nueva? Y cuando meta la tarjeta SD original con mis avances logrados podre seguirlo jugando normal? Es como si tuviera dos copias para mi consola? (no estoy hablando de jugar en otra consola). Además, puedo hacer una copia del contenido de la tarjeta en mi PC por ejemplo en caso de que se dañe o se pierda la SD y luego copiarlo a una nueva y seguir normal? Todo esto me parece un enredo. (En mi opinion, nintendo deberia tener una especie de cloud donde se suban tus avances).

Espero que alguien pueda sacarme de la duda. Gracias!