Problema con particiones, windows no arranca

Os cuento lo que me ha pasado, a ver si alguien consigue ayudarme, por yo ya he probado de todo... En mi PC tengo 3 SSD, 2 de ellos en RAID 0 donde tengo el SO y uno suelto. El que tengo suelto, no lo uso para nada, a si que he decidido sacarlo para ponerlo en el portátil que uso para la universidad, el problema, es que al parecer windows tuvo la brillante idea de instalar la partición de arranque en este SSD y no en el disco donde está windows. Por lo tanto, al desconectar este SSD, el PC no arranca, da un error diciendo que introduzca un disco booteable y reinicie. Para intentar solucionar esto, usé el un pendrive que tengo con windows 10 y le di a reparación de inicio (mala idea), no hizo nada a si que entre en línea de comandos y puse los típicos comandos de bcdedit para restaurar el inicio, y tampoco pasó nada. Decidí meter de nuevo el SSD que había quitado y aquí viene el problema, el PC sigue sin arrancar se queda en el logo de la BIOS con una volita dando vueltas (ya he probado a cambiar el disco de arranque tanto al RAID como al SSD suelto), a si que al parecer me he cargado el arranque de windows ¿Alguna forma de solucionarlo? Ya he probado con reparación de inicio pero no hay manera. También he intentado acceder al RAID desde notepad (abriéndolo desde línea de comando) y ni siquiera me aparece en mi pc (aunque si le doy a instalar windows si que detecta esa partición). No me gustaría tener que formatear, ya que no quiero pasarme horas recuperando todo lo que tenía, a ver si alguien sabe como solucionarlo sin tener que llegar a reinstalar windows...

EDITADO EL 03-09-2015 / 21:38 (EDITADO 1 VEZ)

@Metahumano

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En el caso de que vayas a formatear, antes de hacerlo saca todo lo que tienes importante usando un live cd o usb de linux.

El SSD lo uso para el SO y poco más, a si que por suerte no tenía nada importante (los 2 discos duros no los he tocado a que siguen todos los archivos intactos), además cuando instalé windows 10 guardé todo lo importante en un disco duro externo para hacer una instalación limpia, y ahí siguen. Además gracias a mi pereza para borrar la capeta de descargas, tengo todos los programas que había descargado desde que instalé windows 10, a si que reinstalar todo ha sido cosa de 20 minutos Ya está el PC formateado, ha sido un poco chapa pero bueno y ya que he abierto el PC para sacar un SSD, he aprovechado para ponerle en la parte de abajo unos cátodos rojos que tenía abandonados y quedan muy muy guapos, se ilumina la mesa en rojo (mi PC es negro y rojo por dentro) y también lo he limpiado un poco que estaba acumulándose polvo Mañana toca el segundo asalto, clonar el disco duro del portatil en el SSD y no joder windows en el proceso, esperemos que salga todo mejor que hoy

EDITADO EL 04-09-2015 / 02:58 (EDITADO 1 VEZ)

Ya que te lo han subido para decir que con su iMac no pasa (le ocurrirán cosas peores ) sí la había (por si te vuelve a ocurrir otra vez) y es con los comandos de BCD recuperar arranques me parece que era con ScanOS cuando falla el rebuildBCD; me las he visto en peores que tú y tampoco tenía ganas de comenzar a reinstalar todo, y hablas de que gracias a la pereza de no eliminarlas de Descargas, bueno esto te vale para la inmensa mayoría de programas no para todos (que he tenido que pelearme con unos cuantos por el tema de las licencias, a Square Enix un juego y no más, me niego a comprarles nada por su sistema de licencias). Y la mejor opción es la que indicabas que ibas ha hacer, la clonación del disco duro, el tiempo "perdido" lo recuperas con comodidad en estas situaciones y si además la clonación está en otro interno pues simplemente sustituir el disco. Y algo que tienes que tener en cuenta es que cuando sustituyes el disco por el de otro pc puede costarle arrancar y quedarse un tiempo indeterminado con ese círculo de puntos hasta que le dé la gana de arrancar y preparar dispositivos y demás, y lo que tienes que tener muy claro, la licencia (tendrían que ser muy antiguos tanto el pc como el disco donde estuviera güindous para que lo reconociera con la licencia).