NieR: Automata: Dudas con la historia y finales

Hola me quede con estas dudas al completar el juego, me tomo 25 horas  y voy a seguir hasta sacar lo máximo posible

1. Los humanos exactamente como fueron extintos? he leído los archivos que uno se va encontrando y tengo entendido que fue una enfermedad
2. Que es exactamente la red? las 2 niñas? 
3. El final D es el verdadero? o es el E
4. Tengo entendido que cuando los alien llegan a la tierra junto con su ejercito de maquinas la humanidad ya estaba extinta, es así?
    De ser así cual era la función de yorha antes de que llegaran?
5. El misil que es lanzado en el final D llevaba las memorias de todas las maquinas junto con las de Adan y Eva?
6. 2B Tenia la misión de matar a 9s cada vez que este llegaba a la verdad de la misión de yorha,si es así? o entendí mal jeje
7. Para que sirve ese modo tipo coliseo en el que puedo modificar el entorno con lo que yo quiera como maquinas y demás?
8. Y por ultimo que era exactamente el proyecto Gestalt 

Tal vez lo que pregunto lo dejen claro en archivos de los que uno encuentra 
pero no termino de entender del todo y no he encontrado todos...creo 

Gracias de antemano