NieR: Automata: Duda sobre Adan y Eva y mas Spoiler

Pues tras pasarme el juego y que los putos pods me borrasen las 2 partidas que tenia (yo crei que solo borraria una) me deja la duda en el final que salen Adan y Eva en el texto peeeeo no entendi, estos estaban en un principio aliados con la red o cuando mueren vuelven a formar parte de ella? No entedi eso nada.

Otra cosa que no entiendo es lo de la puerta trasera en el bunker, quien la puso ahi? La humanidad? Osea con que objetivo tiene el bunker un sistema para matar a los androides y porque a la resistencia no les afecta?.

Que hicieron las otras gemelas rojas? Dicen que por su culpa la humanidad se extingue pero no explican como ni porque no las matan a las que quedan la unidad Yorha.

Porque las máquinas quieren irse del planeta?