Pokémon X / Pokémon Y: Medallas Perdidas en Pokemon X

Antes de empezar quiero decir que soy muy noob en estos juegos de Pokemon.
Hace una semana que me termine la liga y cuando me entere que habia una pequeña porcion extra del juego y para capturar a Mewtwo y otros legendarios lo segui jugando :I pero en cuanto empeze a jugar Habia perdido  6 de mis medallas lo que me impide que mis Pokemons fuertes me obedezcan y usar sus movimientos especiales.
Crei que era una parte del juego donde podias volver a pasar la liga con mas dificultad pero se me hizo raro porque las unicas medallas que tenia eran las de Bicho y Piedra
No se si te vuelves a encontrar con los lideres en la mansion batalla porque solo juegue 2 veces ahi y no pude ganar por lo mismo de que mis pokemon nivel 50+ no me obedecen.
Porfavor alguien expliqueme que sucede :'I.