Fallout 4: Limpiar lugares que luego son misiones

Hola a todos, soy nuevo en elel foro, y hace unos meses estoy jugando al fallout, y haces unos mesas esos de fallout no toco un libro de la facu jajaja...pero no me importa, mi futuro puede esperar...
Mi pregunta es como dice el título, me metí en un lugar, q viendo en este foro descubro en un spoiler he luego será una misión importante, mate a todos incluido el líder....la pregunta es, eso me perjudica? Podré hacer la misión mas adelante cuando hable con esa hermandad? Me lleve todo todo..

Desde ya muchas gracias!