Modo Hyperdifícil:
Termina el juego por primera vez y desbloquearas el modo Hyperdifícil.
Mensaje oculto de Iwata:
En la radio-emisora que hay en la nave de Samus, debes introducir una secuencia de caracteres. Empezando a contar desde la izquierda, pulsa el símbolo 2, el símbolo 7, el símbolo 5 y por último el símbolo 1.
Final completo del juego: Para poder disfrutar del final completo o extendido del juego, debes conseguir como mínimo, un total del 75% de mejoras para Samus.
Video secreto del final del juego: Debes conseguir los 100 pickups que se encuentran por todo el juego, para poder ver el video que aparece después de los créditos finales del juego.