Modo Difícil:
Completa el juego habiendo obtenido el 100% de los objetos.
Explorar con libertad la nave Botella:
Tras derrotar al Jefe final y completar el juego en el modo Normal, cuando terminen los créditos finales del juego, carga la partida guardada y Samus podrá explorar la nave botella, disponiendo de las bombas de energía, además de poder obtener los objetos que no hubieras conseguido en la anterior partida.
Desbloquear el modo Teatro y el modo Galería:
Completa el juego por primera vez.
Modo Video:
Completa el juego por primera vez y esta nueva opción se desbloqueará en el menú principal.
Capítulos modo Teatro:
· Capítulos 1-26: Derrota al Jefe Final del modo Historia.
· Capítulos 27-30: Completa el juego.
Páginas modo Galería:
· Páginas 1-4: Derrota al Jefe Final del modo Historia.
· Páginas 5-7: Completa el juego.
· Página 8: Completa el juego habiendo obtenido el 100% de los objetos.
Cambiar la música del menú principal:
Derrota a Phantoon y desbloquea el final oculto.