En Pokémon Shuffle, los jugadores se valdrán de su habilidad para resolver rompecabezas a ritmo de combates contra Pokémon rivales a lo largo de diversas fases donde tendrán que alinear tres o más Pokémon en el área de juego para causar daño. El objetivo es reducir a cero los PS del Pokémon rival dentro de un número de turnos limitado. El título ofrece un sistema para adquirir objetos dentro del juego utilizando fondos de Nintendo eShop.
