Personajes secretos:
Cunningham, Python y Null: Derrótale en cualquier nivel de dificultad por muerte de estamina, y supera el juego antes del 1 de enero de 1971. Se activarán después de empezar un nuevo juego.
Elisa: Logra el nivel medico de 80.
Gene: Recluta 200 soldados y derrótale por muerte de estamina.
Major Zero: Debes tener una partida guardada de Metal Gear Solid: Digital Graphic Novel en la memory stick.
Paramedic: Debes contactar con ella por radio en la fase de la Torre Comm y luego estará en la fase del hospital.
Raikov: Antes de ir a la misión de la casa de la Guarda, manda espías a Western Wilderness, después recibirás un mensaje informándote de que está hecho prisionero.
Sigint: Debes contactar con él por radio en la fase de Comm y después estará en la ciudad.
Sokolov: Entrégale la pintura Saturn V.
Teliko: Debes tener una partida guardada de Metal Gear Acid.
Venus: Debes tener una partida guardada de Metal Gear Acid 2.
Nuevos modos de dificultad:
Modo Extreme: Acaba el juego.
Modo Camuflaje: Acaba el juego con el nivel técnico a 99.